Эпигеномика единичных клеток

Семестр: 3  |  Часы: 72  |  Зачётные единицы: 2

Краткое описание

Вводный курс для знакомства обучающихся с эпигеномикой.

Кто ведёт

Сабиров М. С.

Кандидат биологических наук

Содержание

1. Общие концепции регуляторной геномики

• Введение в парадигму дифференциальной экспрессии генов.

2. Разнообразие регуляторных элементов генома

• Цис- и транс-регуляторные элементы генома.
• Транскрибируемые цис-регуляторные элементы генома.

3. Методы картирования регуляторных элементов генома

• Bulk методы картирования регуляторных элементов генома.
• Методы картирования регуляторных элементов генома в разрешении единичных клеток.

4. Анализ данных секвенирования доступного хроматина на уровне единичных клеток

• Знакомство с технологией scATAC-seq.
• Анализ данных scATAC-seq.

5. Анализ транскрибируемых регуляторных элементов на уровне единичных клеток

• Преимущество технологии 5’-scRNA-seq в задачах картирования транскрибируемых регуляторных элементов.
• Анализ данных 5’-scRNA-seq.

6. Методы реконструкции взаимодействий между регуляторными элементами генома

• Принципы дистанционных взаимодействий в геноме.
• Методы предсказания взаимодействия между регуляторными элементами на основе доступности хроматина и транскрипции энхансеров и промоторов.