Транскриптомика единичных клеток
Семестр: 3 | Часы: 108 | Зачётные единицы: 3
Краткое описание
Вводный курс для знакомства обучающихся с концепцией анализа транскриптомных NGS-данных единичных клеток.
Кто ведёт
Избранные лекции
Содержание
1. Методы исследования транскриптома на уровне единичных клеток
- Введение в секвенирование РНК единичных клеток.
- Знакомство с основными технологиями секвенирования РНК единичных клеток.
- Возможности комплексного анализа секвенирования РНК единичных клеток.
2. Предварительная обработка данных секвенирования РНК единичных клеток
- Выравнивание прочтений и количественная оценка экспрессии генов.
- Контроль качества данных.
- Методы коррекции пакетного (batch) эффекта и интеграции данных.
- Нормализация данных.
- Импутация данных секвенирования РНК единичных клеток.
- Методы уменьшения размерности, кластеризации и визуализации данных.
- Анализ дифференциальной экспрессии.
3. Выявление клеточных типов в данных секвенирования РНК единичных клеток
- Введение в клеточное разнообразие.
- Основные подходы к идентификации клеточного типа.
4. Траектории развития и скорость РНК
- Основы анализа траекторий и измерения скорости РНК.
- Алгоритмы для определения траекторий развития и оценки скорости РНК.
5. Методы изучения межклеточной коммуникации на уровне единичных клеток и их приложение в реконструкции пространственного контекста
- Введение в межклеточные коммуникации.
- Анализ межклеточных коммуникаций.
- Использование информации о взаимодействиях по типу лиганд-рецептор для реконструкции пространственного расположения клеток.
6. Использование методов анализа транскриптома единичных клеток для решения биомедицинских задач
- Применение, место и будущее методов анализа транскриптома единичных клеток в биомедицинских исследованиях.
- Применение изученных методов при работе с реальными данными.