Определение клеточных типов по данным транскриптомики единичных клеток
Семестр: 3 | Часы: 72 | Зачётные единицы: 2
Краткое описание
Курс для знакомства обучающихся с концепцией определения клеточных типов на основании транскриптомных данных единичных клеток.
Кто ведёт
Чечехин В. И.
кандидат медицинских наук
Избранные лекции
Содержание
1. Введение в аннотацию клеток
- Введение в аннотацию клеточных типов в данных РНК секвенирования одиночных клеток.
- Работа с данными РНК секвенирования одиночных клеток в Python и R.
2. Ручные методы аннотации клеточных типов
- Базы данных маркеров для аннотации клеток.
- Использование маркеров клеток для аннотации клеточных типов.
3. Автоматические методы аннотации, основанные на наборах генов
- Обзор автоматических аннотаторов клеток.
- Автоматические аннотаторы, основанные на списках генов-маркеров: SingleR, scType, CellAssign.
4. Автоматические методы аннотации, основанные на референсных датасетах
- Аннотация с помощью референсных датасетов в R.
- Аннотация с помощью референсных датасетов в Python.
5. Автоматические методы аннотации с использованием методов искусственного интеллекта
- Применение методов искусственного интеллекта в аннотации клеточных типов в данных РНК секвенирования одиночных клеток.
6. Функциональное описание клеток
- Описание биологических процессов, происходящих в клетках.
- GSEA анализ в данных РНК секвенирования одиночных клеток.