(по выбору) Молекулярная эволюция

Семестр: 2  |  Часы: 36  |  Зачётные единицы: 1

Краткое описание

Курс по молекулярной эволюции.

Кто ведёт

Дорошков А. В.

Кандидат биологических наук

Содержание

1. Введение в молекулярную эволюцию

• Предмет и задачи молекулярной эволюции и филогенетики.
• Эволюция макромолекул. Понятие гомологии применительно к последовательностям. Чтение и интерпретация филогенетических реконструкций (дендрограмм).

2. Алгоритмы множественного выравнивания

• Сравнение алгоритмов попарного и множественного выравнивания.
• Множественное выравнивание, сравнение алгоритмов и границы их применимости. Оценка качества и редактирование выравниваний.

3. Скорости замен и время дивергенции

• Развитие понимания о накоплении замен. Концепция «молекулярных часов» и относительная скорость молекулярной эволюции.
• Модели нуклеотидных замен и их применение. Понятие индекса возраста гена.
• Модели аминокислотных замен. Выбор оптимальной модели эволюции нуклеотидных и аминокислотных последовательностей.

4. Молекулярная филогенетика

• Реконструкция филогенетических отношений: общие принципы. Номенклатура филогенетических деревьев.
• Метод UPGMA. Метод присоединения соседей (NJ).
• Метод максимальной парсимонии. Метод максимального правдоподобия (ML).
• Байесовская филогенетика. Марковская цепь Монте-Карло в реконструкции филогении.

5. Оценка устойчивости

• Статистические методы оценки устойчивости узлов и длин ветвей филогенетического дерева.

6. Оценка скорости и характера накопления замен

• Методы оценки скоростей накопления замен.
• Синонимичные и несинонимичные замены, действие естественного отбора.